1、注册商标权以核准注册的商标图样和商品/服务为限。
根据《商标法》第五十六条规定“注册商标的专用权，以核准注册的商标和核定使用的商品为限”，注册商标以核准注册的商标图样和核准注册的商品或服务为限，即提交申请注册保护的商标图样和商品/服务。
若商标实际使用的商品/服务与核准注册的商品/服务不一致或不存在被包含关系，则在实际使用的商品/服务上无注册商标权。
根据《商标法》第二十三条规定“注册商标需要在核定使用范围之外的商品上取得商标专用权的，应当另行提出注册申请”。
部分餐饮企业在提交商标注册申请时并未在自己实际经营的核心服务上提交商标注册申请，从而导致商务主管部门在审核时，发现经营资源保护范围与实际经营项目不匹配，将为被特许人的经营和发展带来风险，因此对备案审核不予以核准。
2、与商标权利的获得方式有关
在实际经营中，特许经营企业使用的注册商标其权利人并非企业自身，即企业只享有使用权，不享有所有权，企业对商标的使用权是通过权利人以许可使用方式获得，获得使用权的起始时间以许可协议中约定的为准，因而从授权日起还未满一年。
另一种情况为商标权为受让获得，即注册商标为由其他权利主体转让而来，从转让核准之日起计算，获得商标权的期限还未满一年。
3、未通过合法方式确定使用权
因各种原因，很多特许经营企业在使用非企业名下注册商标权时，未及时签订商标许可使用协议并向商标进行备案是普遍现象。
根据《商标法》规定，未签订许可协议并进行备案，企业使用其他主体名下注册商标存在冒充注册商标的风险，同时，未经许可备案的商标，无法对抗善意第三人。
其次，未签署许可协议，特许企业对注册商标的使用权存在不稳定因素。
4、对商标专有权或使用权起始时间的认定差异
因在商务主管部门非知识产权审查或执法部门，不同的地区对权利合法使用满一年的判定标准存在差异
部分省市接受已注册商标使用期限从申请人开始计算;
部分省份接受已注册商标使用期限从核准注册日开始计算;
部分省市接受已注册商标使用期限从转让完成之日起开始计算;
部分省市接受已注册商标使用期限从商标使用许可备案完成之日起开始计算。
5、其他原因
在实践中，大量存在商标权利人名义已发生变更，但未及时向商标局提交变更申请，或签署的商标许可协议的许可人与证书许可人不一致，或被许可人名义发生变更，但未换签协议，或许可协议内指定在部分服务项目上进行使用，但未指定到核心服务项目上;以及证书遗失、变更证明遗失、续展证明遗失、许可协议遗以及其他材料遗失等。