对于农村自建房的评估，一般是在拆迁时才用得着的。一般的评估方法在住建部于公布的《国有土地上房屋征收评估办法》中明确指出，估价师应当根据评估对象和当地房地产市场状况，对市场法、收益法、成本法、假设开发法等评估方法进行适用性分析后，选用其中一种或者多种方法对被征收房屋价值进行评估。
被征收房屋的类似房地产有交易的，应当选用市场法评估；被征收房屋或者其类似房地产有经济收益的，应当选用收益法评估；被征收房屋是在建工程的，应当选用假设开发法评估。
可以选用两种以上评估方法评估的，应当选用两种以上评估方法评估，并对各种评估方法的测算结果进行校核和比较分析后，合理确定评估结果。
集体土地使用权和集体土地上房屋所有权整体价值的评估，应该参考设定抵押时，类似房地产的市场价格进行，在方法的选择上又有很大不同。
一、市场法
按照现行规定。农民对农村宅基地只享有使用权，其所有权属于所属集体经济组织，无法形成类似城市房屋扥房地产交易市场，房屋买卖仅仅局限于集体经济组织成员之间，也就不存在统一的市场价格。在房屋价值评估中无法使用市场法。市场法在目前实践中大量出现的小产权房交易中应用较多。
二、收益法
农村房屋价值评估从理论上应该可以采用收益法，收集集体土地类似企业的收入和投入成本等用以计算客观收益，实践中农村没有形成统一的房地产市场，可以收集的资料很少导致收益法也不适用农村房屋价值评估。
三、假设开发法
假设开发法又被称为剩余法，预计估价对象开发完成后的价值，扣除预计的正常开发成本、税费和利润等，以此估算估价对象的客观合理价格或价值的方法。主要适用于具投资开发或再开发潜力的房地产的估价。运用此方法把握待开发房地产在投资开发前后的状态，以及投资开发后的房地产的经营方式。农村房屋并没有明确再开发计划，自然就无法适用。
四、成本法
指求取估价对象在估价时点的重置价格或重建价格，扣除折旧，以此估算估价对象的客观合理价格或价值的方法。在目前农村房屋价值评估中多采用这种方法。